En 1889 la MZA presentó un proyecto para construir unas nuevas instalaciones en Plaza de Armas, aunque la construcción se retrasaría varios años. En febrero de 1899 dieron comienzo las obras, bajo la dirección del ingeniero de la compañía Nicolás Suárez y Albizu. La estación sería inaugurada el 18 de marzo de 1901.
Ya en 1859, con la llegada del ferrocarril a Sevilla, se había inaugurado una primitiva estación en Plaza de Armas de la mano de la Compañía del Ferrocarril de Córdoba a Sevilla. Más adelante, la línea Córdoba-Sevilla se integraría en la red de MZA.
Tras la Guerra Civil, pasó a integrar parte del patrimonio de RENFE junto a la conocida como estación de Cádiz;7 Desde entonces, Plaza de Armas, al ser una estación en fondo de saco, pasó a ser destino de los trenes cuyo recorrido empezaba o terminaba en Sevilla, mientras San Bernardo se convirtió en la estación en la que paraban los trenes que pasaban por Sevilla. En 1982, se otorgó a RENFE el premio Brunel, concedido por la Unión de Ferrocarriles Europeos, por las reformas llevadas a cabo en Plaza de Armas con motivo del mundial de fútbol de 1982
El Plan de Enlaces Ferroviarios de Sevilla, de 1971, preveía la reorganización de la red férrea que existía en Sevilla y la supresión de varias estaciones —entre ellas, Plaza de Armas—. Esto no se materializaría hasta comienzos de la década de 1990, con las obras que se realizaron de cara a la Exposición Universal de 1992.10 Plaza de Armas se mantuvo en funcionamiento hasta el 29 de septiembre de 1990, fecha en la que partió el último tren con destino a Madrid, cerrando sus puertas al día siguiente. Desde entonces, y hasta el el 2 de mayo de 1991, el tráfico ferroviario se concentró en la estación de San Bernardo,87 llegando desde entonces los trenes a Sevilla a la Estación de Santa Justa. Poco después las vías del ramal San Jerónimo-Plaza de Armas se desmontaron para ampliar la calle Torneo. Durante la Expo’92 la estación fue utilizada como parte del llamado «Pabellón de Sevilla», el cual, si bien no tenía un pabellón propio en el interior de la muestra, sí contaba con una serie de edificios históricos usados como tal repartidos por la ciudad.
Fuente – Wikipedia